令和８年２月１７日に九州運輸局の運航労務監理官が海上運送法に基づく監査を実施したところ、安全管理規程に違反する事実を確認した。 同年６月１９日、九州運輸局は同者に対して、「船長は、安全管理規程第40条に基づき、船内設備の異常を発見したときは、直ちにその概要を運航管理者に報告するとともに、修復整備の措置を講じること。」を含む命令を行った。

令和4年1月22日17時頃、有明海自動車航送船組合のフェリー「有明みらい」は、旅客38名、車両16台を乗せ、長崎県雲仙市多比良港を出航中、勤務中の機関長が当直業務を行わずに自室で飲酒していた。旅客の負傷者なし。 2月17日、九州運輸局の運航労務監理官が海上運送法に基づく監査を実施した。 3月23日、安全統括管理者及び運航管理者は有明海自動車航送船組合内において、船員法及び海上運送法等の関係法令その他輸送の安全を確保するための安全教育とあわせて、飲酒にかかる教育を定期的に行うことを含む指導を行った。