関東運輸局の運航労務監理官が、令和6年11月以降、東海汽船株式会社に対し海上運送法に基づく監査を実施したところ 、運航管理者が乗組員を配乗するにあたり、船員法に定める教育訓練を修了した者以外の者を乗り込ませる等、海上運送法に基づき同社が定める安全管理規程が遵守されていないことを確認した。 令和7年4月1日、関東運輸局は同者に対し、「運航管理者は、安全管理規程第23条に基づき、配乗計画を作成又は改定するに際して、関係法令で義務付けられた安全の確保上必要な教育訓練を修了した者を乗り組ませる等、輸送の安全の確保上必要と認められる事項について十分に検討をした上で、安全上の同意をすること。」を含む命令を行った。

令和6年9月24日、国土交通省が設置している旅客船の通報窓口に対し、東海汽船株式会社が運航する旅客船「セブンアイランド大漁」が令和5年9月4日に熱海～大島航路において惹起した事故（機関停止及び岸壁への衝突。負傷者なし。）について、法令違反の疑いがある旨の情報があった。 令和6年10月11日及び15日、関東運輸局の運航労務監理官が海上運送法に基づく監査を実施した。 同年12月3日、関東運輸局は同者に対し、「運航管理者は、安全管理規程第44条、第48条及び事故処理基準第4条に基づき、事故の発生を知ったときは、速やかに関係運輸局及び海上保安官署に事故の概要及び事故処理の状況を速報すること。」を含む警告を行った。

令和6年7月24日、東海汽船株式会社が運航する旅客船「セブンアイランド愛」は、旅客116名を乗せて東京港竹芝桟橋から式根島へ向かう途中、航行不能に陥り、漂流した。 同月25日から同年8月2日まで、関東運輸局の運航労務監理官が海上運送法に基づく監査を実施した。 同年9月25日、関東運輸局は同者に対し、「経営トップ及び安全統括管理者は、安全管理規程第45条に基づき、事故処理（原因究明及び再発防止策の策定までを含む一連の措置）に際しては、事故の原因の究明を最優先に実施して現場におけるリスクを明確にし、運航再開前に必要な再発防止の措置を講ずること。」を含む警告を行った。