令和5年4月17日、九州商船株式会社は、旅客船「ぺがさす」の船首ストラットにクラックが発生していることを確認し、その後2回にわたり本船の修理を行ったにも関わらず、船舶安全法に規定する臨時検査を受検しないまま、令和5年7月20日まで運航を継続した。 同年8月30日から9月1日、9月29日及び10月6日、九州運輸局の運航労務監理官が海上運送法に基づく監査を実施した。 令和6年3月28日、九州運輸局は同者に対し、「運航管理者は、安全管理規程第41条第３項に基づき、船長や船舶メンテナンス担当者等から船舶の異常やそれに対する修復整備状況に関して報告を受けたときには、直ちにその措置に対する安全上の検討を行い、必要に応じて修復整備を求めること」を含む命令を行った。