国土交通省の運航労務監理官が、令和6年8月6日よりＪＲ九州高速船株式会社に対し海上運送法に基づく監査を実施したところ、同者が運航する旅客船「ＱＵＥＥＮ ＢＥＥＴＬＥ」において、同年2月12日に浸水が確認されていたにも関わらず、5月30日までの間、長期に渡り国土交通省への報告を怠り、運航を継続したこと等、関係法令及び安全管理規程に違反する事実があることを確認した。 同年9月17日、国土交通省は同者に対し、「運航管理者は、安全管理規程第51条に基づき、事故等の発生を知ったときは、速やかに国土交通省及び海上保安庁にその概要及び事故等の処理の状況を報告すること。」を含む命令を行った。

令和5年2月11日、ＪＲ九州高速船株式会社の旅客船「ＱＵＥＥＮ ＢＥＥＴＬＥ」は、運航中、浸水警報装置が作動したため、翌12日にダイバーの潜水により、船体のクラックを確認、船舶安全法に基づく臨時検査を受けるべきところ、応急処置のうえ、同月14日まで臨時検査未受検のまま運航を継続した。 同年2月15日から17日、国土交通省及び九州運輸局の運航労務監理官が海上運送法に基づく監査を実施した。 同年6月23日、「船長は、安全管理規程第46条に基づき、自船に事故が発生したときは、事故等の拡大防止のための措置等必要な措置を講じるとともに、事故等の状況及び講じた措置を、速やかに、運航管理者及び海上保安官署等に連絡すること」を含む命令を行った。